Farní kostel Nejsvětější Trojice začal stavět Michael Oswald Thun v roce 1665 podle tehdy právě vypracovaných plánů italského architekta Carlo Luraga. Provádění vlastní stavby bylo svěřeno taktéž vlašskému staviteli a štukatérovi Rossimu de Luca a skončilo v roce 1670 vysvěcením chrámu. Současně s kostelem byla budována raně barokní krypta, která má stejný půdorys jako presbytář, je sklenuta valenou klenbou a tehdy byla přístupná schodištěm z kněžiště kostela.

Do této hrobky byl jako první pohřben stavitel kostela Michael Oswald v roce 1694. Franz Pad. Anton r. 1714 a pak v roce 1763 Marie Philippina roz. z Harrachu. Potom byla krypta uzavřena, protože se s pohřbíváním v kryptách přestalo.

Roku 1853 se Josef Oswald I. rozhodl provést důkladnou obnovu krypty. Současně se zavázal respektovat úřední zdravotnické požadavky, týkající se pohřbívání v uzavřených prostorách. Tudíž zrušil vchod do krypty z kostela a místo něj zřídil nový vchod přestavbou zvenčí. Ukládána tam směla být jen balzamovaná těla zesnulých. K přestavbě došlo roku 1861 a to včetně postavení poměrně vysoké ohradní zdi oddělující prostor před dlouhou boční stěnou kostela s novou panskou oratoří.

Na jaře roku 1950 došlo k zaplavení krypty podpovrchovou vodou. Rakve byly odvezeny na hřbitov a sedm z nich uloženo v malé hrobce pod Kaplí mrtvých proti kostelu Panny Marie. Zatím prázdná stará krypta pod kostelem podléhala celkové devastaci, když zůstala po dlouhou dobu otevřená a přístupná. V hrobce na hřbitově zůstaly rakve až do začátku zimy v roce 1991, kdy byly provizorně deponovány v pravé sakristii kostela Panny Marie a potom v zámku.

Vlastní rekonstrukce krypty začala na jaře roku 1992. V průběhu stavebních prací byla vyjmuta kamenná deska s porcelánovými tabulkami na dnešní čelní straně krypty v místech někdejšího vchodu z presbytáře chrámu a za ní byly nalezeny zbytky ostatků již jmenovaných členů rodiny Thunů a tři k nim se vztahující cínové tabulky. Mezitím pracovali místní umělci, Karel Meloun se synem Davidem a pan Josef Bernášek, na dílech významně doplňujících restaurovaný prostor. Práce kovářské (vstupní dveře, kovaná madla na schodišti, mřížová stěna se středovými vraty uzavírající přístupnou část krypty) pocházejí z dílny Karla a Davida Melounových. Karel Meloun provedl též úpravu starobylého kamenného soklu s lavabem, situovaném v pravém koutě krypty. Malíř Josef Bernášek je autorem krásného barevného rodokmenu – stromu života – zdejších Thun-Hohensteinů, sestaveného Dr. Kynčilem.

Adaptace pokračovala i v roce 1993. Začátkem května došlo k převozu povrchově upravených rakví ze zámku do staré krypty a konečně dne 4. června byla tato slavnostně zpřístupněna a současně vysvěcena litoměřickým biskupem Mons. Dr. Josefem Kouklem.

Nyní jsou v kryptě ostatky:

• Michael Oswald (1631-1694)
  zakladatel kláštereckého majorátu: Klášterec, Pětipsy, Benešov nad Ploučnicí, Žehušice a Markvartice, majorátní pán, obnovitel zdejšího zámku a parku, stavebník kostela Nejsvětější Trojice, dvou paláců v Praze, barokní kavalír a podporovatel umělců
  
  Marie Philippina, roz. z Harrachu (1693–1763)
  manželka Johanna Franze Josefa, matka Josefa Antonína, která v době jeho nezletilosti spravovala majorát jako poručnice
  
  Franz Pad. Anton (1713–1714)
  ostatky tohoto dítěte nebyly nalezeny, jen jedna jeho botička
  syn Johanna Franze Josefa a Marie Philippiny
  
  Josef Mathias (1794–1868)
  majorátní pán, člen Královské české společnosti nauk, jazykovědec, překladatel národních písní, Rukopisu Královedvorského a dal. do němčiny, jeden z vůdců stavovské opozice proti vládě, člen Národního výboru v roce 1848 atd.
  
  Karel (1803-1876)
  syn Josefa Johanna Sabbase z 2. manželství s občanskou dívkou Eleonorou Fritschovou, bratr Josefa Mathiase, generál, polní zbrojmistr, majitel c.k. pěšího pluku 99
  
  Josef Oswald I. (1817-1883)
  majoritní pán, starosta Klášterce v letech 1861-1876
  
  Josef Oswald II. Thun-Hohenstein-Salm-Reifferscheid (1849-1913)
  majoritní pán, rytíř řádu Zlatého rouna, diplomat, starosta Klášterce v letech 1876-1913
  
  Erwein (1858-1870)
  syn Siegmunda Ignaze Karla a vnuk Josefa Mathiase, student.
  
  Johanna roz. ze Salm-Reifferscheidu (1827-1892)
  manželka Josefa Oswalda I.
  
  Franziska roz. z Thun-Hohensteinu větve Ronšperk-Benátky (1796-1883)
  manželka Josefa Mathiase